«Όταν κατέστησαν κύριοι της πόλεως τάς απογευματινάς ώρας της 4.11.44 επιδόθησαν πλέον εις το προσφιλές των όργιον του αίματος. Προς τον σκοπόν αυτόν είχον επιστρατεύση όλα τα κακοποιό στοιχεία της Θεσ/κης του Κιλκίς και των πέριξ χωρίων, ομοίως τους συνεργάτας των Βουλγάρους καί Σέρβους, η νυξ του Αγίου Βαρθολομαίου πρέπει να ωχριά προ των εγκληματικών διαθέσεων των Βουλγαροκομμουνιστών, ιδίως κατά των τραυματιών, αιχμαλώτων και εν γένει του αμάχου πληθυσμού.

Αι σφαγαί ήρχισαν αμέσως άνευ οίκτου, τα χαρακώματα επί των παρυφών του υψώματος του Αγίου Γεωργίου και το πλησίον των σφαγείων της πόλεως τοιαύτα υπερπληρώθησαν από τους ομαδικώς φονευομένους άνδρας, εις τάς οδούς και τάς οικίας εφονεύοντο άνευ διαδικασίας οι παραδιδόμενοι ή συλλαμβανόμενοι Εθνικόφρονες Έλληνες πολίται».
Αρκετοί απ’ όσους πολέμησαν στο Κιλκίς μέσα από τις γραμμές του ΕΛΑΣ παραδέχονται ότι, εκτός από τις περιπτώσεις αυτοδικίας από την πλευρά του μαινόμενου πλήθους, πολλοί αιχμάλωτοι, παρά τις ρητές διαταγές για ανθρώπινη μεταχείριση τους, δεν έφιασαν ποτέ στους τόπους κράτησης τους.
Εμμέσως πλην σαφώς ο Πρωτόπαπας περιέγραψε το τι επακολούθησε της μάχης, χαρακτηρίζοντας ως «παραφροσύνη» την κατάσταση στην οποία βρέθηκε το πλήθος αλλά και οι αντάρτες μπροστά στη θέα των νεκρών συμπολεμιστών τους:
«Η οργή αυτών που τόσο είχαν δεινοπαθήσει ιδιαίτερα τα δύο τελευταία χρόνια ήταν αδύνατον να συγκρατηθεί. Όταν οι εστίες των έξοπλισμένων άρχισαν να πέφτουν το μαζικό ξέσπασμα δεν ήταν εύκολο να χαλιναγωγηθεί. Σαυτές τις στιγμές το χυμένο αίμα παραμερίζει κάθε λογική και οι άνθρωποι ενεργούν σαν πληγωμένα αγρίμια […] Με την παράδοση και των τελευταίων γερμανοντυμένων λογικά μπορεί να μην υπήρχε πλέον κανένα έρεισμα για επιτόπου τιμωρία ακόμη και αυτών που είχαν βάψει στα μαύρα πολλές οικογένειες […] Όμως σ’ αυτές τις συγκρούσεις το πάθος και η έξαψη δεν έχουν όρια και η λογική είναι αδύνατον να συνέλθει γρήγορα και να κυριαρχήσει».
(Σημείωση: Προσέξτε πόσο εύκολα δικαιολογεί τα εγκλήματα των κομμουνιστών ο συμμορίτης Κικίτσας (Σαράντης Πρωτόπαπας). Έγιναν λέει… εν βρασμώ ψυχής! Κατά τα άλλα δηλαδή ήταν πολύ φιλεύσπλαχνοι οι κομμουνιστές και αυτό εδώ ήταν… “μεμονωμένο περιστατικό”!)
Μετά την πρώτη επιλογή μεταξύ όλων των αρρένων αμάχων και των ενόπλων συλληφθέντος, που είχαν συγκεντρωθεί έξω από το Κιλκίς, ενας μεγάλος αριθμός αιχμαλώτων μεταφέρθηκε στις δυο καπναποθήκες και στον κινηματογράφο του Κιλκίς, ενώ αρκετοί, δέσμιοι και έχοντας περασμένη από το κεφάλι τους την πινακίδα «Εθνοπροδότης», οδηγήθηκαν απευθείας για εκτέλεση. Την τελευταία στιγμή γλίτωσε την εκτέλεση μια ομάδα αξιωματικών που είχε παραδοθεί, χάρη οτην παρέμβαση του διοικητή του 16ου Συντάγματος του ΕΛΑΣ. Μπροστά στη σωτηρία τους, η απογύμνωση, η κακοποίηση και η διαπόμπευση τους στην κεντρική οδό της πόλης είχαν σίγουρα ελάχιστη πλέον σημασία.
Σύμφωνα με αναφορά που απέστειλε ένας Κιλκισιώτης ιδιοκτήτης καπναποθήκης ονόματι Γεώργιος Σιδηρόπουλος στο αγγλικό προξενείο της Θεσσαλονίκης, το Φεβρουάριο του 1945, οι εκτελέσεις ξεκίνησαν αμέσως μετά το τέλος της μάχης και διήρκεσαν πολλές ημέρες, ακόμα και μετά την άφιξη στις 16 Νοεμβρίου των πρώτων Άγγλων στρατιωτών στην πόλη. Ο Σιδηρόπουλος υπολόγιζε σε 5.000 τους εκτελεσθέντες, από τους οποίους οι 3.000 είχαν εκτελεστεί από τον ΕΛΑΣ και οι υπόλοιποι από τους Πολιτοφύλακες. Στην τρισέλιδη έκθεση του, η οποία τιτλοφορείτο «Ο Κόκκινος Νοέμβριος του Κιλκίς», περιέγραψε με κάθε λεπτομέρεια τις ομαδικές εκτελέσεις κρατουμένων, μεταξύ των οποίων υπήρχαν πολίτες (κυρίως δάσκαλοι και δημόσιοι λειτουργοί), περίπου 15 ιερείς, αλλά και τραυματίες που απήχθηκαν από το Νοσοκομείο.
Με βάση την έκθεση Σιδηρόπουλου και άλλες πληροφορίες, οι αγγλικές προξενικές αρχές συνέταξαν αναλυτικό κατάλογο για τα εγκλήματα που είχε διαπράξει ο ΕΛΑΣ στο Κιλκίς, με τους κατά προσέγγιση αριθμούς των θυμάτων και τις τοποθεσίες όπου είναν εκτελεστεί και ταφεί ομαδικά. Υπολογιζόταν ότι πίσω από την αποθήκη Βογιατζή είχαν εκτελεσθει 60 άτομα, πίσω από το λόφο του Αγίου Γεωργίου 300, στο Μεταλλικό 200, στο προαύλιο των αποθηκών του Σιδηρόπουλου 600, έξω από την Κολχίδα 200, στην Κρηστώνα 60, κοντά στο Πεδινό 80 και πολλοί άλλοι σε διάφορες τοποθεσίες μέσα και έξω από το Κιλκίς.
Μετά το τέλος της Εαμοκρατίας στη Μακεδονία υπεβλήθησαν πλήθος μηνύσεων από συγγενείς θυμάτων εναντίον εκείνων που θεωρούσαν υπαίτιους για τις εκτελέσεις των δικών τους στο Κιλκίς. Κατά τη διάρκεια των ακροαματικών διαδικασιών κατέθεσαν εκατοντάδες μάρτυρες, πολλοί από τους οποίους βρέθηκαν οι ίδιοι κρατούμενοι του ΕΛΑΣ και ενώπιον των εκτελεστικών αποσπασμάτων. Ο κτηνοτρόφος Χρήστος Σ. συνελήφθη στις 4 Νοεμβρίου και μεταφέρθηκε με άλλους στη θέση «Τούμπα» έξω από την Αργυρούπολη. Εκεί οι κρατούμενοι δέθηκαν ανά δύο. Ο ίδιος βρέθηκε δεμένος με έναν Σαρακατσάνο, τον οποίο παρέλαβε ένας Ελασίτης και τον εκτέλεσε εν ψυχρώ. Την ίδια τύχη είχαν συνολικά 84 από την ομάδα αυτή των κρατουμένων.
Ο Ενωματάρχης Γεώργιος Π. υπηρετούσε στο Κιλκίς, όταν μετά το τέλος της μάχης συνελήφθη και κλείστηκε στον κινηματογράφο. Το 1948 κατέθεσε ως μάρτυρας κατηγορίας στη δίκη του στρατοπεδάρχη Κωνσταντίνου Δ. ή Καπετάν Φουρτούνα: «Κάθε βράδυ οι Ελασίται έπαιρναν από τους κρατουμένους εις τον Κινηματογράφον, τους ωδήγουν έξω του Κινηματογράφου καί έκτοτε ούτοι εξηφανίζοντο […] Έδερναν τούς κρατουμένους εις τον Κινημ/φον, αλλά δεν εξετέλουν μέσα εκεί». (Κακουργιοδικείο Θεσσαλονίκης, τόμ. Ιανουάριος-Ιούνιος 1948, Πρακτικά Συνεδριάσεως της 16ης Ιανουαρίου 1948, Αριθ. 20-23.)
Οι αντάρτες είχαν εκτελέσει εκατοντάδες αιχμαλώτους μέσα στην πόλη, αντλώντας από τους τόπους κράτησης. Το ίδιο είχαν κάνει και κατά τη μεταφορά τους στη Θεσσαλονίκη, όπως συνέβη με την ομαδική εκτέλεση κοντά στο Πεδινό. Τα θύματα προέρχονταν στην πλειοψηφία τους από χωριά της περιφέρειας του Κιλκίς και της Θεσσαλονίκης, τα οποία την περίοδο της Κατοχής είχαν συμμετάσχει στην ένοπλη αναμέτρηση εναντίον του ΕΛΑΣ. Μεταξύ αυτών συγκαταλέγονταν ο Άγιος Πέτρος με 15 νεκρούς, οι Άνω και Κάτω Απόστολοι με 17, το Ανάβρυτα με 30, ο Επτάλοφος με 15, η Βάθη με 14, ο Άγιος Αθανάσιος με 36, το Άδεντρο με 16, η Φύσκια με 16, η Μεσιά με 15, η Τέρπυλλος με 24, ο Διπόταμος με 29, το Λαοδικηνό με 17, το Νέο Αγιονέρι με 85. Το ίδιο αμείλικτα αντιμετωπίστηκαν οι Πόντιοι των Σερρών και της Δράμας, στην πλειοψηφία τους Μπαφραλήδες, από τους οποίους 105 σκοτώθηκαν κατά τη διάρκεια της μάχης ή εκτελέστηκαν τις επόμενες ημέρες. Βαριές ήταν επίσης οι απώλειες όσων ακολούθησαν τον Κισά Μπατζάκ στην περιπέτεια του Κιλκίς: σε 60 περίπου ανήλθαν οι νεκροί από τον Κούκο, τον Τρίλοφο, την Παλαιοστάνη, τον Κορινό, την Κατερίνη, το Μοσχοπόταμο, τον Άνω Άγιο Ιωάννη, τη Βρωμερή, τη Αεπτοκαρυά, την Περίσιαση και τη Σεβαστή. Από τα άλλοτε ισχυρά προπύργια του Πούλου στον κάμπο των Γιαννιτσών, την Κρύα Βρύση και το Αγγελοχώρι και από χωριά της Ημαθίας και Πέλλας, είχαν σκοτωθεί ή εκτελεσθεί περίπου 38 άτομα.